[Dilettante_Pro]

atanov,
В этом примере

здесь об это идёт речь:

var elem = document.querySelector("#one");
elem.remove();
alert(document.querySelector("#box").innerHTML); //Исчез блок #one
alert(elem); //Но как видите, сам объект еще жив

используется document.querySelector, который создает ссылку на найденный элемент. Эта ссылка - переменная elem - существует независимо от того, удален сам элемент или нет. Если после удаления ее "освежить":

elem = document.querySelector("#one");

- то она станет null

Вы же использовали document.getElementsByClassName(), который создает "живую" коллекцию элементов, которая переформировывается при удалении определенных элементов из коллекции.
К тому же вы еще и самостоятельно при каждом удалении перечитывали коллекцию.