ctx.getImageData(0,0,256,256)['data'].filter((el,i)=> i%4==3)[555]; //тут получаем все пиксели и фильтруем оставляя только альфаканал, потом обращаемся к пикселю который хотим проверить.
если проверок не много можно не фильтровать, альфа каждый 4 пиксель