Нужно парсить строку в целое parseInt().
Вычисления в строке берутся в скобки.
var стаж = parseInt(prompt("Какой у вас стаж работы?"));
var зарплата = parseInt(prompt("Какая ваша изначальная зарплата?"));
if(стаж >= 0 && стаж <= 3)
{
alert("У вас нет надбавки");
}
else if(стаж >= 3 && стаж <= 10)
{
alert("Ваша надбавка "+(зарплата / 100 * 10)+" рублей, а с зарплатой "+(зарплата / 100 * 10+зарплата));
}