Guamoko,
Сделать глобальный флаг, устанавливать при вводе в input, проверять в функции
<input type="number" value = "0">
<button>Пересчитать</button>
<script>
var inp = document.querySelector("input"),
but = document.querySelector("button")
flag = false;
inp.oninput = function() { flag = true; }
but.onclick = function() {
if(flag) return;
inp.value = Math.random() * 100;
}
</script>