VооDоо,
Если я правильно понял вас, могу посоветовать, постараться понять что именно не нравится вам в вашем коде и почему, так же при этом максимально абстрагироваться от самого языка как ЯвыСкрипта так и любого другого и уж темболее от фреймворков. Постараться выделить важное, фундаментальное в коде, то что менять будет сложнее всего, и то что второстепенное. На счет книг, опять же если я правильно понял ваше затруднение, могу посоветовать Фредерик Брукс "как создаются программные системы". И лекцию на ютубе
Архитектура ПО там кстати что то подобное MVC упоминалось, хотя MVC не суть.