Тогда я не понимаю чего нужно. Речь шла об удалении лишних переносов строк, причем тут пробелы? Переносы удалить, это:
<pre id="str"></pre>
<script>
var s = `Hello
1111
Hello
2222
Hello
3333`;
document.getElementById('str').textContent = s.replace(/(\r?\n){2,}/g, '$1');
</script>