[Nexus]

var intervalID;
document.getElementById("start").onclick = clickHandler;

var minute = 0,
    second = 0;

function timer() {

    minute = Number.parseInt(minute);
    second = Number.parseInt(second);


    var end = false;

    if (second > 0) second--;
    else {
        second = 59;


        if (minute > 0) minute--;
        else end = true;
    }

    if (end) {
        clearInterval(intervalID);
        alert("Таймер сработал!");
    } else {

        document.getElementById('minute').textContent = (minute > -1 ? "" : "0") + minute;
        document.getElementById('second').textContent = (second > -1 ? "" : "0") + second;
    }
}

function clickHandler() {
    minute = document.getElementById('m').value;
    second = document.getElementById('s').value;

    intervalID = setInterval(timer, 1000);
}

Пожалуйста, отформатируйте свой код!

Для этого его можно заключить в специальные теги: js/css/html и т.п., например:

[html run]
... минимальный код страницы с вашей проблемой
[/html]

О том, как вставить в сообщение исполняемый javascript и html-код, а также о дополнительных возможностях форматирования - читайте http://javascript.ru/formatting.