[MC-XOBAHCK]

Блондинка, а ты его поставь перед закрывающимся тегом body или оберни в конструкцию DOMContentLoaded:

document.addEventListener('DOMContentLoaded', function() {
    let page = window.location.pathname;
    let links = document.querySelectorAll('a');
    for (let i = 0; i < links.length; i++) {
        if (links[i].pathname == page) {
            links[i].outerHTML = '<span class="xyz3">' + links[i].textContent + '</span>';
        }
    }
});

https://learn.javascript.ru/onload-ondomcontentloaded