У готовых движков открытый код. Это позволяет злоумышленникам проще взломать сайт.
То есть это "полуготовый", потому и не взламываемый? Ну юмористы.
Магазин на своём движке легче, поэтому работает гораздо быстрее, чем сайты на WordPress, Joomla и других готовых движках.
Ну это бабушка надвое сказала.
Не так и редко требуется специфика, которую даже как модуль расширения в готовую CMS и то трудно впихнуть, не говоря уже каком-то легком супер-пупер движке. Ценность не всегда определяется скоростью, это не является самым важным показателем для магазина.