Как вариант в module.exports ложить не роутер а функцию которая вернет роутер и весь код модуля обернуть в эту ф-ю а app передавать как аргумент
тогда при подключении
var router = require('./путь/router')(app);
app.use(router);
Но, можно поинтересоваться зачем? Когда код внутри модуля слишком много знает о внешнем мире обычно это плохо заканчивается и я бы старался такого избегать если есть возможность