[почты прочую обяза ниже.]

Не зная всей логики, но при беглом взгляде, попробуйте следующие строки (34, 35):

var minutes = Math.floor(diff/1000/60);
var seconds = Math.floor(diff/1000)-minutes*0;

Заменить на это:

var minutes = Math.floor((end-diff)/1000/60);
var seconds = Math.floor((end-diff)/1000)-minutes*0;