[Dilettante_Pro]

ethereal,

Есть код который генерируется сам

Проще добавить сразу в генерацию, но можно и так:

<div class="swiper-pagination swiper-pagination-fraction">
  <div>
    <span class="swiper-pagination-current">1</span>
    <span class="swiper-pagination-total">5</span>
    <span class="swiper-pagination-all">12</span>
  </div>
</div>
<script> 
   var sp = document.querySelectorAll('span');
   [].forEach.call(sp, function(el) {
       var cont = el.innerText;
       el.innerText = cont.length < 2 ? '0' + cont: cont;
    });
</script>