[Dilettante_Pro]

Я не могу понять, что значит значение передаётся обратно, куда обратно передаётся.

Чтобы было понятнее, немного переделал ваши примеры:

function sum (a, b) {
		return (a + b);
	}
var res = sum (5, 6);
alert ( res);

function sum (a, b) {
		alert (a + b);
	}
var res = sum (5, 6);
alert ( res);

В первом варианте вычисленный внутри суммы результат возвращается в место вызова функции - строка 4 - и присваивается переменной res

Во втором случае функция не возвращает вычисленный результат.