Вы имеете в виду, чтобы при нажатии на кнопку вообще больше не запускалось?
Вот пример с возможностью включения и отключения запуска... Если на кнопке стоит галочка, то оно запускается через три раза, если не стоит галочка, то не запускается
<script>
document.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {
var checkbox = document.getElementById("toggle-launch");
checkbox.addEventListener("change", function() {
localStorage.launch = checkbox.checked;
if(!checkbox.checked) localStorage.num = 0;
});
if("launch" in localStorage) {
checkbox.checked = localStorage.launch === "true";
} else {
localStorage.launch = checkbox.checked;
}
if(!checkbox.checked) return;
var num = Number(localStorage.num) || 0;
localStorage.num = ++num;
if(num % 3 === 0) alert("3");
});
</script>
<label><input type="checkbox" id="toggle-launch" checked>Запускать</label>
<script></script>