Всемогущий,
Это и есть решение проблемы. Вы перепутали координаты по горизонтали и вертикали.
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="border:0px;padding:0px;margin:0px;overflow:hidden;" >
<canvas id='canvas' height='0' width='0' style="border:0px;padding:0px;margin:0px;overflow:hidden;" ></canvas>
<script type="text/javascript">
var canvas = document.getElementById("canvas");
var ctx = canvas.getContext('2d');
canvas.left = 0;
canvas.top = 0;
canvas.width = window.innerWidth;
canvas.height = window.innerHeight;
canvas.style.overflow = "hidden";
var height;
var width;
function draw() {
height = window.innerHeight;
width = window.innerWidth;
ctx.fillRect(width/2-50,height/2-50,100,100);
}
function game() {
ctx.clearRect(0, 0, canvas.width, canvas.height);
draw();
requestAnimationFrame(game);
}
requestAnimationFrame(game);
</script>
</body>