[Malleys]

эта магия походу только там и работает

Как будто вы не знаете, что оно не будет работать без соответствующей инициализации! Там или у вас!

перенёс в html-файл и нифига не видно FB...

Так надо полностью все ресурсы перенести, которые я добавил...

<link rel="stylesheet" href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery-ui-bootstrap/0.5pre/assets/css/bootstrap.min.css">
<link rel="stylesheet" href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/datepicker/0.6.5/datepicker.min.css">
<link rel="stylesheet" href="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/fancybox/3.5.7/jquery.fancybox.min.css">

<style>

html, body {
	height: 100%;
	margin: 0;
	display: flex;
	justify-content: center;
	align-items: center;
}

.datepicker-container {
	z-index: 100000 !important;
}

</style>


<div style="display: none;" id="hidden-content">
	<input id="datepicker">
</div>

<button data-fancybox data-src="#hidden-content">
	Trigger the fancybox
</button>

<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js"></script>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/datepicker/0.6.5/datepicker.min.js"></script>
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/fancybox/3.5.7/jquery.fancybox.min.js"></script>
<script>

$(function() {
   $("#datepicker").datepicker();
});


</script>

у меня свой
он просто делает .show() / .hide()

Тогда ничего не должно мешать его работе... Элемент добавленный на страницу на который добавлен обработчик события никак не теряет обработчики... Элемент даже можно отсоединять от принявшего его документа (в jQuery с его ограниченными методами такое по моему нельзя сделать?) и с обработчиками ничего не происходит... Возможно у вас где-то происходит опасный вызов jQuery метода html, который заменяет содержимое... Тогда обработчики будут утеряны! Посмотрите, чтобы у вас не было такого опасного вызова при помощи jQuery!

UPD Ещё обнаружил такой ужас... если в jQuery вызвать на элементе метод off, то он удаляет все обработчики добавленные при помощи jQuery... без различия откуда обработчики были добавлены: вами или "плагином" (а плагины добавляют обработчики неявно, т. е. вы не видите в своем коде метод on, и соответственно думаете, что off выключит только ваши обработчики), поскольку jQuery не изолирует обработчики плагинов от обработчиков вашего приложения... (а laimas-то говорил нам, что библиотека как раз для новичков... всё просто и понятно... а тут столько не очевидностей... ) Проверьте, может вы где вызываете очистку от своих обработчиков при помощи метода off, заодним подчищая обработчики "плагина".