[MC-XOBAHCK]

есть ещё пару вариантов: унаследовать метод или сделать массив из нодлиста.

Ага, исправил так:

<ul>
    <li>Пункт 1</li>
    <li>Пункт 2</li>
    <li>Пункт 3</li>
</ul>
  
<script>
    function navigation(e) {
        let el = e.target;
        let listItems = el.parentNode.querySelectorAll('li');
      
        let index = [...listItems].findIndex(item => item == el);
      
        console.log(index);
    }
      
    document.querySelector('ul').addEventListener('click', navigation);
</script>

оказывается я с самого начала правильно findIndex применял, только запарка получилась с типом данным. А я от отчаянья чего только не пихал в findIndex, перебирая варианты один глупее другого.