[laimas]

Если нужно отправлять форму по условию, значит это условие нужно проверить, и если это диалог, то:

<button type="submit" name="del" value="<?=$row["id"]?>" onclick="return confirm('Вы действительно хотите удалить учреждение с id <?=$row["id"]?>')"> Удалить </button>

$del = htmlspecialchars($_POST['del']);

А это опасность, htmlspecialchars совсем не для этого.