Хз, где они там прописаны. Вот для тех кому интересно как переопределить базовые скрипты в джумле, прописав это в индексе шаблона
<?php
$doc = JFactory::getDocument();
$scr = '/media/jui/js/jquery.min.js';
$repl_scr = '//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.2.4/jquery.min.js';
$key = array_keys($doc->_scripts);
$value = array_values($doc->_scripts);
$key = str_replace($scr, $repl_scr, $key);
$doc->_scripts = array_combine($key, $value);
?>
То есть он заменил исходный jquery.min.js. Стал на его место. Но что в итоге, не х.. НЕ ЗАРАБОТАЛ. И в самой джумле если что с коробки подключен миграт, на 3 подключена версия 1.4.1, что вроде последняя.
Вообщем тупик становиться уже(