[Malleys]

Возвращает неизменяемую копию.

Всё изменяется!
Вот настоящий неизменяемый объект...

var a = Object.freeze({
	id: Object.freeze({ value: 60 }),
	string: Object.freeze({ value: Object.freeze(["abc", 123]) })
});

// попробуем изменить
a.id.value = 77;

// не изменилось, а у вас изменяется
alert(a.id.value);

После вашей функции даже копия настоящего неизменяемого объекта становится изменяемой!

// Скопировать объект и вставить как значение возвращаемого объекта
newData = Object.assign({}, mainData);

Может стоит учитывать исходный конструктор при создании объекта? А то был неизменяемый объект без конструктора, а стал изменяемым и с конструктором...

var a = {
	__proto__: null,
	id: { value: 60 }
};

После вашей функции происходит неожиданная смена конструктора!

Объект без конструктора вы можете отсеять так...

mainData instanceof Object

// Если это массив...
if(toString.call(mainData) === "[object Array]") {

А если это структура, которая была унаследована от класса Array. Почему её нельзя использовать? Может стоит определять так...

mainData instanceof Array

А если это типизированный массив?