Сообщение не обновляется, а то штаны, штаны. ) Попробуйте так:
$('#second').popover({
content: '<p></p>',
html: true,
trigger: 'blur',
placement: 'bottom'
}).on('shown.bs.popover', function () {
var first = +this.form.firstone.value || 0,
second = +this.value || 0;
if(first && second && first <= second) {
$('div.popover-body p').text('The value of first (' + first +') input must be greater than the value of secondone (' + second + ')');
$(this).addClass("errorstyle")
} else {
$('div.popover').remove();
$(this).removeClass("errorstyle")
}
});
Зачем type="number"?