Проще вернуться к восстановлению позиции без запрещения прокрутки, почему у вас не работает не понять, но все должно.
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js"></script>
<style>
body {
margin: 0;
}
.overlap {
position: fixed;
top: 0;
width: 100%;
height: 100%;
background-color: #00000055;
z-index: 100;
}
.modal {
position: fixed;
width: 400px;
height: 200px;
top: -200px;
left: 50%;
margin-left: -200px;
background-color: #fff;
border-radius: 0 0 10px 10px;
}
</style>
<script type="text/javascript">
$(function() {
for(var i=1; i < 80; ++i) $('body').append('<p>'+i+'</p>');
$('html').animate({
scrollTop: 500
}, 500, function() {
$('<div class="overlap"><div class="modal"><button>Close</button></div></div>')
.appendTo('body')
.find('.modal')
.animate({top: 0}, 500, function() {
$(this).data({top: $(window).scrollTop()}) //запомнить позицию прокрутки
})
.find('button').click(function() {
$(this).parent().animate({top: -200}, 500, function() {
$(window).scrollTop($(this).data('top')) //восстановить позицию прокрутки
$(this).parent().remove()
})
})
});
});
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>