Попробовал так:
scripts[i].replaceWith(`<script>function change_tr()
{
var r = "йцукенгшщзфывапролдячсмитьЙЦУКЕНГШЩЗФЫВАПРОЛДЯЧСМИТЬ";
var e = "qwertyuiopasdfghjklzxcvbnmQWERTYUIOPASDFGHJKLZXCVBNM";
var u = "йцукенгшщзфівапролдячсмитьЙЦУКЕНГШЩЗФІВАПРОЛДЯЧСМИТЬ"
var s = document.getElementById("code").value;
var l = s.length;
if(l > 5) alert('<jkmit 5!')
var i = 0;
var j = 0;
var c = "";
for(i < 0; i < l; i++)
{
c = s.substr(i, 1);
j = r.indexOf(c);
if(j >= 0) s = s.substr(0, i) + e.substr(j, 1) + s.substr(i + 1, l);
else
{
j = u.indexOf(c);
if(j >= 0) s = s.substr(0, i) + e.substr(j, 1) + s.substr(i + 1, l);
}
}
document.getElementById("code").value = s;
}</script>`)
Как текст вставилось.