рони, все-таки это в реестре и было дело, правда какая именно грязюка на это влияла выяснить не удалось. Удалил программу, в закрытых папках юзера бывает и не удаляют деинсталляторы свои папки/файлы, но там ничего крамольного чтобы влияло не остается. В реестре после деинсталляции поиск по имени программы тоже выдает типа путей откуда была инсталляция и прочего несущественного, а вот библиотек от производителя не обнаружено. Но после очистки реестра от потерянных библиотек и новой инсталляции программы все теперь нормально.
Ну и пришлось немного с svg помудрить.
Я считаю, как и нормальные люди, началом отсчета верхний левый угол, давно забыв о том, что в Corel Draw по умолчанию начало координат в левом нижнем углу (декартова система). Эта же точка отсчета и в Inkscape.
Приготовил я несколько примеров, пересчитал координаты для SVG масок и иконок, тоже самое сделал из уже имеющихся координат выделений, которые были приготовлены в Corel Draw. И началась пляска.
Мои выделения исчезли вообще, а те что из Corel Draw поменялись местами. Оказывается, мало пересчитать координату от низа, нужно еще и учесть размер документа по умолчанию, а это формат A4 портретной ориентации - 297 мм. От этого размера нужно вычитать высоту изготавливаемого SVG и на эту высоту добавлять группе сдвиг вниз: <g transform="0 -(297 - высота SVG)">, а координата Y элементов группы: <rect y="297 - (высота выделения + Y координата выделения)" ...