vaisan, весь твой пример можно свести к этому
<div id='test'></div>
<script type='text/javascript'>
var txt='<script>alert("Ok")<\/script>';
txt+='<p>Test<\/p>';
document.getElementById('test').innerHTML = txt;
</script>
Так действительно скрипты не отработают...
Нужно создавать элемент script... Добавлять его соответствующим методом на страницу...
Тогда скрипты будут работать.
var o=document.createElement('script');
o.text = 'alert("Ok");';
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(o);