[Nexus]

Попробуйте так:

var popup = document.getElementById('window9');

function move() {
    slides[index].style.opacity = "";
    slides[index].style.Zindex = "";
    index = (index + dir + len) % len;
    slides[index].style.opacity = 1;
    slides[index].style.Zindex = 1;
    
    if (index > 1) {
        popup.style.width = '620px';
        popup.style.height = '620px';
    } else {
        popup.style.width = '320px';
        popup.style.height = '320px';
    }
    
    index < len - 1 && (timer = window.setTimeout(move, 2000));
}

ЗЫ. в css изначальный размер попапа должен быть 320*320px.