[Malleys]

Прокси даже с Бабилоном не поддерживаются

Так всё правильно, это реализуется на уровне движка. Смотрите правее в той же таблице — поддерживается во всех последних браузерах. Не поддерживается в Babel — значит он никак не меняет такой код, что и не нужно поскольку так и так поддерживается во всех браузерах.

Т.е. писать двойной код. Отдельно для старого, отдельно для нового.

Нет! Скорей разные сборки — ES2020 и ES3 + может плагины и полифилы и затычки и скрывалки.

даже edge 18 не поддерживает в css rgba(0,0,0,50%).

Перетряхивать весь код

Stylus или SCSS в помощь

Это не спасает. Что я не делал наследования и с помощью __proto__?
Многое наследуется, но a[i] = x не изменяет length, если i больше.
Такое возможно только при наследовании с классами. Там немного другой механизм.

Синтаксис классов — это синтаксический сахар для функции и prototype. Никакого особого механизма нет. Вот, например...

{
	class ArrayFiller extends Array {
		constructor(count, filler) {
			super(count);
			this.fill(filler);
		}
		/* остальные методы */
	}

	const af = new ArrayFiller(5, "a");
	console.log(af.length); // 5
	af[10] = "b";
	console.log(af.length); // 11
	af.length = 1;
	console.log(af); // ArrayFiller ["a"]
	console.log(af instanceof ArrayFiller); // true
}

равносильно...

{
	function ArrayFiller(count, filler) {
		var af = new Array(count);
		af.__proto__ = ArrayFiller.prototype;
		af.fill(filler);
		return af;
	}

	ArrayFiller.prototype = {
		__proto__: Array.prototype,
		constructor: ArrayFiller
		/* остальные методы */
	};

	var af = new ArrayFiller(5, "a");
	console.log(af.length); // 5
	af[10] = "b";
	console.log(af.length); // 11
	af.length = 1;
	console.log(af); // ["a"]
	console.log(af instanceof ArrayFiller); // true
}

Такой же способ использовался в Chrome DevTools для наследования от HTMLDivElement и пр. HTML-элементов.