В итоге добился своего результата.
Вот пример:
<link href="FFStyle.css" type="text/css" rel="stylesheet"/>
<!--[if IE]><link href="IEStyle.css" type="text/css" rel="stylesheet"/><a>IE</a><![endif]-->
Оказывается я напутал порядок команд внутри тега, то есть после линка обязательно должен href идти, иначе ошибка.
Какой строгий CSS, а вот совместимость хромает, одна головная боль с этим CSS.