[рони]

например, height: 100vh, то скрипт перестает работать.

. Необходимо же, чтобы анимация начиналась, когда верхняя часть блока .parallax будет по верхнему краю экрана, а заканчивалась, когда нижняя часть блока .parallax будет уже по нижнему краю экрана.

когда виден верх, тогдаже виден и низ, когда анимировать?

Если ставлю для секций .header и .footer z-index: 2, а для секции .parallax z-index: 1,

position: fixed;