Так?
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Canvas в HTML5</title>
</head>
<body>
<canvas id='canvas' height='800' width='1000'></canvas>
<script>
var contex = document.getElementById('canvas').getContext('2d');
var img = new Image();
var R1 = 320.0;
var R2 = 260.0;
var R3 = 220.0;
var delta = 330.0;
var p1 = (2 * Math.PI) / 366;
var p2 = (2 * Math.PI) / (24 * 366);
var x1 = [366 + 1];
var y1 = [366 + 1];
var x2 = [366 + 1];
var y2 = [366 + 1];
var x3 = [366 * 24 + 1];
var y3 = [366 * 24 + 1];
var x4 = [366 * 24 + 1];
var y4 = [366 * 24 + 1];
for (var i = 0; i <= 366; i++) {
y1[i] = R1 * (Math.sin(i * p1)) + delta;
x1[i] = R1 * (Math.cos(i * p1)) + delta;
y2[i] = R2 * (Math.sin(i * p1)) + delta;
x2[i] = R2 * (Math.cos(i * p1)) + delta;
y3[i] = R2 * (Math.sin(i * p2)) + delta;
x3[i] = R2 * (Math.cos(i * p2)) + delta;
y4[i] = R3 * (Math.sin(i * p2)) + delta;
x4[i] = R3 * (Math.cos(i * p2)) + delta;
}
var now = new Date();
var start = new Date(now.getFullYear(), 0, 0);
var diff = (now - start) + ((start.getTimezoneOffset() - now.getTimezoneOffset()) * 60 * 1000);
var oneDay = 1000 * 60 * 60 * 24;
var day = Math.floor(diff / oneDay);
contex.beginPath();
for (var i = 0; i + 1 <= 366; i++) {
//заполняем сектора (полигоны) желтым цветом
contex.fillStyle = "#ffbb00"; //цвет линии
contex.beginPath();
contex.moveTo(x1[i], y1[i]);
contex.lineTo(x1[i + 1], y1[i + 1]);
contex.lineTo(x2[i + 1], y2[i + 1]);
contex.lineTo(x2[i], y2[i]);
contex.closePath();
contex.fill();
}
contex.beginPath();
for (var ii = 0; ii <= day; ii++) {
//заполняем сектора (полигоны) зеленым цветом
contex.fillStyle = "#39e600"; //цвет линии
contex.beginPath();
contex.lineCap = "round"; // закругляем наконечник
contex.stroke();
contex.moveTo(x1[ii], y1[ii]);
contex.lineTo(x1[ii + 1], y1[ii + 1]);
contex.lineTo(x2[ii + 1], y2[ii + 1]);
contex.lineTo(x2[ii], y2[ii]);
contex.closePath();
contex.fill();
}
//отрисовка кругов и перемычек (здесь проблема отрисовка нужно чтобы была поверх полигонов)
contex.lineWidth = 1; // толщина линии
contex.strokeStyle = "#000000"; //цвет линии
for (var i = 0; i + 1 <= 366; i++) {
contex.beginPath();
contex.moveTo(x1[i], y1[i]);
contex.lineTo(x1[i + 1], y1[i + 1]);
contex.moveTo(x2[i], y2[i]);
contex.lineTo(x2[i + 1], y2[i + 1]);
contex.moveTo(x3[i], y3[i]);
contex.lineTo(x3[i + 1], y3[i + 1]);
//рисуем перемычки между кольцами
contex.moveTo(x1[i], y1[i]);
contex.lineTo(x2[i], y2[i]);
contex.stroke();
}
//пишем буквы (String);
contex.fillStyle = "#000000";
contex.strokeStyle = "black";
contex.lineWidth = 1;
contex.font = "100px sans-serif";
contex.fillText("Hello", 50, 100);
contex.strokeText("Hello", 50, 100);
</script>
</body>
</html>