[voraa]

О чём вообще спор? Разработчик софта чётко указал:

Какие ещё доводы нужны? Думаете они там меньше в javascript разбираются?

Вообще это не приказ, а совет.
И когда таким советам следуют бездумно, то и возникают такие ошибки.

Кстати, разработчик bootstrap писал про свой код. И он указал, что он должен быть расположен после загрузки jquery. Но ни слова не сказал, что jquery должен быть в конце.

Каждый может располагать загрузку скриптов, где ему нравится. Но только тогда и свой код писать в соответствии с этим расположением.
Т.е. пишите свой код после загрузки jquery и bootstrap.