Это эволюция программирования, сначала все бегали голые и били друг друга палками, писали функции, потом количество перешло в качество, появились объекты (классы), потом ООП (наследование). А прототипы это просто механизм наследования в JS.
Прямо как в обществе, сначала колхоз, потом приватизация, а затем наследование.
