[voraa]

Можно и фильтровать
res = activeFavoriteID.filter (id => activeFavoriteIDRemove.indexOf(id) == -1)

for (inp of favorite) {
                    if (inp.getElementsByClassName('activeFavorite')) {
                        activeFavoriteID.push(inp.id);
                        for (var i = activeFavoriteID.length - 1; i >= 0; i--)//удаление дублей
                        {
                            if (activeFavoriteID.indexOf(activeFavoriteID[i]) != i)
                                activeFavoriteID.splice(i, 1);
                        }
                    }
                }

А откуда дубли?
Может сразу делать, что бы не было дублей

for (inp of favorite) {
                    if (inp.getElementsByClassName('activeFavorite')) {
                        if (activeFavoriteID.indexOf(inp.id) == -1) activeFavoriteID.push(inp.id);
                    }
                }