[voraa]

А еще лучше так

function initializeClock(id, endtime) {
  var clock = document.getElementById(id);
  var hoursSpan = clock.querySelector(".hours");
  var minutesSpan = clock.querySelector(".minutes");
  var secondsSpan = clock.querySelector(".seconds");
   var miliSecondsSpan = clock.querySelector(".miliSeconds");
 
  function updateClock() {
    var t = getTimeRemaining(endtime);
 
    if (t.total <= 0) {
     document.getElementById("header").className = "hidden";
      return true;
    }
 
    hoursSpan.innerHTML = ("0" + t.hours).slice(-2);
    minutesSpan.innerHTML = ("0" + t.minutes).slice(-2);
    secondsSpan.innerHTML = ("0" + t.seconds).slice(-2);
    miliSecondsSpan.innerHTML = ("00" + t.miliSeconds).slice(-3);
    requestAnimationFrame(updateClock);
  }
 
  requestAnimationFrame(updateClock);
}

requestAnimationFrame - вызывает функцию перед обновлением экрана, когда браузер это сможет сделать. Чаще ее вызывать смысла не имеет. На современных компьютерах это 60 раз в секунду.