2 файла создаются потому, что первый (.png) переносится url-loader'ом, второй - ImageminWebpWebpackPlugin плагином.
По поводу того как использовать сгенерированную webp картинку: автор плагина в своем примере в файлах сразу ссылается на нужное расширение
https://github.com/iampava/imagemin-...index.html#L13
То есть можно использовать такой же вариант (но нужен fallback на случай не поддержки webp браузером).