qwerty<br />asdfgh
<script>
alert('qwerty<br />asdfgh')
</script>
В alert тег BR будет воспринят обычным текстом и никакого переноса не будет. У вас какая-то пользовательская плюшка выводящая сообщения, которая может отображать и html, поэтому вы и наблюдаете это. А чтобы отменить, нужно удалять тег BR из текста.