CKEditor не с textarea работает, а с iframe, у которого document.designMode = "on". Вот поиск текста в HTML — действительно сложная задача, так как слова могут быть разбиты на несколько узлов. У вас, при использовании textarea, задача сильно упрощается, всего то
текст с определенной позиции искать. Пример выделения найденного слова есть по ссылке, которую я давал в первом своем сообщении.