Вы о чем ведете речь? То что показано, это не уменьшение физических размеров, это отображение в указанных размерах.
Если речь идет о сохранении на сервере с уменьшением, то уменьшайте, нет проблем. Но если вы уменьшенное хотите затем увеличить, то результат будет не из лучших. Хранят обычно две/более копии, оригинал и меньшие.
ile_put_contents("./files/".$file, base64_decode($uri)); - это не лучший вариант передачи на сервер, так как размер данных в три раза больше оригинала будет, есть и
более экономичный.