Некоторые момента кода для меня сложны, но идею вроде как улавливаю, наверно.
Примерно так, один из вариантов, я и пытался сделать.
var arr = new Map([
['k1', '1'],
['k2', '0'],
['k3', '1']
]);
console.log(arr);
$.cookie('name', JSON.stringify(arr));
var storedAry = JSON.parse($.cookie('name'));
console.log(storedAry);
В консоли
Map(3)
size: 3
<entries>
<prototype>: Object { … }
<prototype>: Object { … }
Как видно, корректно не распаковалось.