Сообщение от voraa
			 
		
	 | 
	
		A какой URL имеет то самое окно, в котором открывается pdf? 
Наверно того самого скрипта, который его формирует. 
Но есть  
header("expires: 0"); 
Хром может из-за этого для сохранения заново обратится по указанному URL. 
А скрипт по этому URL пошлет снова документ и все заголовки, включая 
  header("Content-Type: application/pdf; name=\"".$file_name."\""); 
  header("Content-Disposition: inline; filename=\"".$file_name."\"");
	 | 
	
Вы правы, в том окне URL скрипта.
Проверил - наличие header("expires: 0") никак не влияет на поведение хрома: при сохранении в первые 5 секунд выдаётся диалог на сохранение pdf, в последующие диалог на сохранение скрипта php. Если попробовать сохранить скрипт, то хром выдаёт Ошибка: ошибка сети. При этом никаких запросов на вкладке Network в Инструментах разработчика не появляется.
Похоже как-то эти самые 5 секунд связаны с наличием в Response Headers такого хедера Keep-Alive: timeout=5, max=100.