Что бы не портились данные пришлось закодироваться.
Но возникла другая проблема, где то обрезаются по длине.
toFile("len.txt", strlen($rawWave));
echo base64_encode($rawWave);
success: function(data) {
var decodeWave = atob(data);
var len = decodeWave.length;
console.log(len);
Получаю:
95384
71538
Куда могли деться 23846 ??