[venom1996]

var lastId,
    topMenu = $("#article-nav"),
    topMenuHeight = topMenu.outerHeight()+15,
    // All list items
    menuItems = topMenu.find("a"),
    // Anchors corresponding to menu items
    scrollItems = menuItems.map(function(){
        var item = $($(this).attr("href"));
        if (item.length) { return item; }
    });

// Bind click handler to menu items
// so we can get a fancy scroll animation
menuItems.click(function(e){
    var href = $(this).attr("href"),
        offsetTop = href === "#" ? 0 : $(href).offset().top-topMenuHeight+1;
    $('html, body').stop().animate({
        scrollTop: offsetTop
    }, 300);
    e.preventDefault();
});

// Bind to scroll
$(window).scroll(function(){
    // Get container scroll position
    var fromTop = $(this).scrollTop()+topMenuHeight;

    // Get id of current scroll item
    var cur = scrollItems.map(function(){
        if ($(this).offset().top < fromTop)
            return this;
    });
    // Get the id of the current element
    cur = cur[cur.length-1];
    var id = cur && cur.length ? cur[0].id : "";

    if (lastId !== id) {
       lastId = id;
       // Set/remove active class
       menuItems
         .parent().removeClass("isActive")
         .end().filter("[href='#"+id+"']").parent().addClass("isActive");
   } 
});

ошибку показывает в этой строке

offsetTop = href === "#" ? 0 : $(href).offset().top-topMenuHeight+1;

<a href="тут-какой-то-алиас#ссылка на элемент">

с алиасом перестал работать скрол,

<a href="#ссылка-на-элемент">

вот так работало без проблем