Глобальные переменные плохо, только если их использовать там где не надо.(т.е. почти везде)
Но в конкретных случаях их вполне можно использовать. Как в вашем. Альтернатива просто не стоит того, чтобы городить огород. Разве что вместо
var subWindowsClose = true;
явно задавайте
window.subWindowsClose = true;