[Nexus]

Форматтер js: https://beautifier.io/

В чем может быть причина?

Если элементы .counter-plus и .counter-minus - кнопочки «+» и «-» для изменения кол-ва товаров в корзине/ну, то у вас, уверен, сначала отрабатывают обработчики подсчета стоимости и только потом изменяется кол-во.

Ваш код можно сократить:

$(document).ready(function() {
    $(".price-new span.number99")
        .clone()
        .css({
            'font-size': '16px',
            'font-weight': '400',
            'color': '#787a88'
        })
        .appendTo("#price2");

    $('.counter-plus, .counter-minus').click(function() {
        var tariff = $(".price-new span.number99").text();
        var quantity = $('#kolvo').val();
        var sum = tariff * quantity;
        $('#price2').html(sum);
    })
});