[Aetae]

Можно навертеть - скрывать через transform, или там opacity, что не затрагивает реальных размеров, а потом медленно уже сводить сам размер к нулю, после чего удалять. Т.е. заявзать всю анимацию на сам удаляемый элемент.
Получить же высоту можно как el.offset\client\scrollHeight либо el.getBoundingClientRect().height, либо getComputedStyle(el).height, в зависимости от того что нужно. Всегда исключительно в прикселях.
Но нет никаких проблем привести значение на момент вызова к vmin или любому другому - простая математика.