[voraa]

У вас при вызове createCheckbox каждый раз создается локальная переменная i. И она каждый раз получает значение 1.
Все созданные элементы будут иметь id='1'
Надо вынести i функции

let checkboxNumber = 0;
function createCheckbox() {
    var checkbox = document.createElement("input")
    checkbox.type = "checkbox"
    checkbox.id = `${++checkboxNumber}`
    return checkbox
}