[voraa]

Не перестраивается график ни в какую

Про это надо смотреть нет ли каких других ошибок.
Если вы хотите посылать запросы на сервер не чаще 1 сек, но после отрисовки, то можно сделать примерно так

function Timer2(){
     let t0;   
      xhr.open("GET", "content.bin?r=" + Math.random(), true);
      xhr.responseType = "arraybuffer";
      xhr.onload = function (oEvent) {
          var uint16Array = new Uint16Array(this.response);
          for(var i = 0; i < 256; i++)
          {
            data16Array1[i] = uint16Array[i];
            data16Array2[i] = uint16Array[i+256];
          }
          myChart.data.datasets[0].data = data16Array1;
          myChart.data.datasets[1].data = data16Array2;
  
          myChart.update();  
          let dt = 1000 - (performance.now() - t0)  
          setTimeout(Timer2, dt>0? dt : 0);       
      }
      t0 = performance.now(); // время посылки запроса
      xhr.send(null);
    }