repz,
может у вас браузер устаревший или структура другая?
здесь код ниже работает?
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
<style type="text/css">
td{
border: 1px solid red;
}
</style>
</head>
<body>
<table><tr>
<td> - вот это удаляем по факту, а не должны
<div>
<table>
<tbody>
<tr><td>test</td></tr>
<tr><td>test</td></tr>
<tr><td>test</td></tr>
<tr id="tr_">
<td>del <- а должно вот это </td>
<td>
<div>
<input type="text" value=""> - ищем вот это
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</td>
</tr>
</table>
<script>
var elems = document.querySelectorAll('input[value=""]');
elems.forEach(input => input.closest('tr:last-child').remove());
</script>
</body>
</html>