repz,
вы что-то не договариваите ... сделана задержка удаления для наглядности
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
<style type="text/css">
.test td{
border: 1px solid red;
}
</style>
</head>
<body>
<table>
<tbody>
<tr></tr>
<tr>
<td> <-Вот этот удаляется, а не хотелось бы.
<div>
<form>
<div>
<div>
<div>
<div>
<table>
<tbody>
<tr>
<td></td>
<td>
<table>
<tbody>
<tr class="test">
<td>
<input name="" value="" size="30" type="text"><br>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
<tr>
<td></td>
<td>
<select name="" size="1">
<option value="" selected="">(нет)</option>
<option value="">123</option>
</select>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
</div>
</div>
</div>
</form>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<script>
var elems = document.querySelectorAll('input[value=""]');
window.setTimeout(_ => elems.forEach(input => input.closest('tr:last-child').remove()), 3000);
</script>
</body>
</html>