[Alexandroppolus]

почему для этого я должен обязательно создать экземпляр объекта Boss (boss) и записать в прототип его?

как раз именно это и не надо делать.

правильная сборка:

function Boss() {
    this.id = 0;
    this.desc = 'Main object'
}

function SubBoss() {
    Boss.call(this);
    this.department = 1;
}
SubBoss.prototype = Object.create(Boss.prototype);
SubBoss.prototype.constructor = SubBoss

subBoss = new SubBoss();

console.dir(SubBoss);
console.log(subBoss);
console.log(subBoss.desc);